Sin duda, y el segundo "que" de tu aguda observación, se acentúa.

¿Qué tipo de agradecimiento, de carta, de postal? Concreta porque tu pregunta es muy amplia.

pregunto que para agradecerle como he de hacerlo en una carta, en una postal, cual es el metodo correcto y que se pone

Creo que antes de saber que se pone, hay que saber cómo se escribe