Ambas opciones son correctas. El hecho de que la botella se deje en la mesa o no, depende del tipo de servicio y la formalidad de la ocasión. Tener a un camarero pendiente de la mesa unica y exclusivamente pendiente de esta tarea aporta una pincelada de "exclusividad" al servicio pero, obviamente, no a todo el mundo le tiene que gustar.
El protocolo en hostelería a lo que "obliga" es que el sumiller o camarero te sirva las primeras copas (lo que llamariamos la primera ronda) y deje a disposición de la mesa el corcho (ya que los entendidos lo huelen y analizan para determinar la categoria del vino, junto a la propia cata). La mayoria de las veces, como dice Juan Carlos, es cuestión de presupuesto.
Decir qué es mejor en este caso es como determinar si es mejor un servicio a la francesa (donde un camarero con bandeja te sirve) o a la inglesa (donde un camarero con una bandeja se acerca para que tu te sirvas); el servicio a la inglesa se considera el más solemne pero no por ellos podemos decir que el otro (o cualquiera de los que existan) sean más o menos correctos: simplemente son diferentes y dependen de la solemnidad del acto, el gusto del anfitrión y el presupuesto.
Un saludo.