Lamentablemente la "quimica" que existe o no entre nosotros y otras personas no se puede falsear por lo que lo mejor es ser sinceros con nosotros mismo y, sin abandonar la cortesia y nuestros principio, mantener la relación de la forma más natural posible. Si no hay una relación buena, limitate a ser educado y espaciar los encuentros: forzar las relaciones interpersonales suele dar peores resultado.
No se que consejo darte respecto al enfrentamiento que mantienes con tu suegro y cuñado respecto al trato que dispensan a tu mujer (y seguramente otras cosas): quizá sea una cuestión de educación y tu consideras ofensivo algo que tu familia politica no ve de la misma forma. Si tu mujer le quita importancia lo mejor es que lo hagas tu lo mismo: sobre todo, no la pongas a ella entre la espada y la pared ni critiques lo que hacen sus familiares por mucho que ella lo haga (no es lo mismo que yo diga que mi hermano es un estupido a que lo diga otra persona...) tendemos a ser más benevolente con nosotros mismos que con el resto) y por muy maleducados que sean son su padre y hermano.
Respecto a la pregunta de quien es la pareja de tu mujer, tanto social como protocolariamente, eres tu. Si tu mujer hace de madrina, lo lógico es que os senteis juntos en la mesa presidencial, junto a tu suegro, que sin ser padrino, sigue siendo el padre del novio y se le suele dar un puesto de relevancia. No pasa nada por que la mesa no se ajuste al convencional ( y respetable) modelo de novios, padrinos y conyugues. Yo he organizado bodas donde en la presidencia estaban los padres, los abuelos, el cura e, incluso en algun caso, los testigos principales.... y en otras donde, como en tu caso, el conyugue desparejado se sentaba con sus hermanos en vez de en la presidencia.
Al ser un evento social no hay reglas universales: solo se puede negociar y proponer con mucha "mano izquierda". Te recomiendo prudencia, que lo que decidais respecto a donde sentaros lo decidas conjuntamente con tu pareja (es más fácil la "defensa" cuando se hace en equipo), tengais en cuenta que la decisión final lo tienen los novios (quizá tu futura cuñada sea más favorable a vosotros que tu cuñado) pero no por ello dejeis que avasallen vuestros principios. No es lo mismo el orgullo por orgullo o el orgullo por dignidad (cada uno marca la frontera entre ambos)
Siento no dar una solución pero si te sirve de consuelo, tu problema es más habitual de lo que parece.
Buena suerte,