Edgar,
Por un lado, tienes a ciertas autoridades religiosas, militares y civiles que estan contemplados por el Real Decreto de Orden y Precedencia del Estado. Aquellas autoridades que no tienen su mención en dicho decreto se han de colocar por lógica, peinando las listas: esto es, equiparando puestos e intercalando uno detrás de modo que se coloque a todas las autoridades equitativamente. Generalmente se da preferencia a los cargos electos (lo que han sido asignados por votación, por ejemplo, congresistas) frente a los arbitrarios (elegidos "a dedo", por ejemplo, ministros) siempre dando prioridad a los que tiene mayor responsabilidad frente a los que tienen menos. Respecto a la prelación entre civiles, militares y religiosos, es precisamente este orden.
En cualquier caso, cuando te encuentres con este dílema, lo mejor siempre es que contactes con los dpto de protocolo de las autoridadades que lo más posible es que a nivel interno, ellos mismos tengan ordenes de precendencia que te servirán de orientación. El protocolo religioso (católico) y el militar son bastante extrictos al respecto y es mejor conocer sus "reglas" antes de colocar a nadie.
Solo para terminar, existe una prelación departamental (colocación por grupos) que hace mención a ministerios y otras organizacíones colegiadas como Real Academias y similares.
Un saludo,