Respecto a tu primera duda, no te preocupes por no conocer el protocolo institucional ya que en una boda no le afecta. Es un acto social y a los unicos que has de consultar cualquier duda es a los anfitriones, es decir los novios, que seguro que agradecen que alguien se responsabilice de estos temas.
Generalmente, los bancos que quedan justo detrás de la novia (que suelen ser los de la izquierda según entras o los de la derecha si miras desde el altar, son para la familia de ella y los otro, para la familia de él). En los primeros bancos se sientan los familiares más cercanos a los contrayentes, es decir, los padres que no ejercen de padrino/madrina, los hermanos con sus parejas, las damas de honor (en el caso de ella, pues tienen que colocarla el vestido cada vez que ella se levanta y sienta), la personas que van a hablar durante la ceremonia -si hay lecturas o intervenciones -, los niños de las arras, su madre o una persona que cuide de ellos (no olvidemos que son niño) y los testigos que una vez finalizada la ceremonia tengan que firmar en el libro de actas.
Respecto a la comitiva...
Generalmente, el novio espera a la novia en el altar por lo que tanto él como la madrina ya estan en el interior de la iglesia. En esta caso, la comitiva la suelen formar solo la novia con el padrino, por delante de ellos los niños y por detras de ellos, las damas de honor para cuidar de la cola del vestido y el velo (que no se enganche, que nadie lo pise, etc).
Si la iglesia no permite que el novio espere dentro o los novios así lo prefieren, entonces entran los padres que no son padrinos del brazo, luego irían los hermanos con sus acompañantes (aunque yo personalmente prefiero que esperen ya dentro para no hacer una comitiva excesivamente larga), luego los niños con las arras y los anillos (aunque pueden ir justo delante de la novia, entre esta y el novio), luego el novio con la madrina, seguidos de la novia con el padrino y después las damas de honor. En importancia, los más importantes son los último en llegar al altar y generalmente, la novia lo hace con algo más de espacio respecto a quien le antecede.
A la salida de la iglesia, la comitiva la suelen encabezar los niños (para que las madres puedan retirarlos antes de la lluvia de arroz), luego los padres que no son padrinos del brazo, después los padrinos y al final los novios, con algo más de espacio respecto a quien les antecedían (de modo que cuando los protagonistas salgan a la calle, no tengan a nadie de delante que impida la visibilidad de los contrayentes). Para la salida no se suelen hacer comitivas más largas.
Para entrar al salón del banquete, generalmente después del cóctel de cortesia y justo antes de brindis de honor, entran los padrinos y sus conyugues, se colocan a derecha e izquierda, y en medio, entrando en último lugar, los novios (quedan los novios al centro y los padrinos de cada uno al lado de quien corresponte); luego se hace el brindis y una vez concluido, los padrinos y parejas van hacia la mesa y los novios detrás. No obstante de esta parte no tendrás que preouparte ya que el maître del salón se ocupa del protocolo del brindis.
Un saludo,