En España es muy común que los padres asistan a las bodas con sus hijos, principalmente por la imposibilidad de dejarlos con otra persona. Sin entrar en lo apropiado o no de ello, me parece correct o que hagas una mesa solo de niños especialmente si entre ellos se conocen. Tan sol te aconsejo dos cosas... a primera es que lo confirmes con sus padres antes de dar por sentado que no les importa que sus hijos esten en una mesa lejos de ellos (quizás, lejos de una comodidad les supone un problema); personalmente no pondría a niños menores de cuatro-cinco años solos (salvo que tengan un hermano/a mayor que les acompañe también en la mesa) aunque depende de los padres y los niños. En general, te aconsejo que no mezcles niños (4-10 años) con adolescentes (a partir de 10) salvo que tu interés o necesidad sea otra.
El segundo consejo es que cuides especialmente donde colocar la mesa; no es tan importante que esten cerca de sus padres, aunque si esto es posible, es un "punto a favor" sino que esten lo más "ladeados" posibles, es decir, que no esten en mitad del salón para evitar que puedan molestar a otros invitados y, sobre todo, que no interrumpan el trabajo de los camareros (por ejemplo, colocando la mesa demasiado cerca de la salida desde la cocina y office o en su camino hacia la mesa presidencial). Aclara al restaurante que es una mesa con niños, y de que edades aproximadas son - como buenos profesionales sabrán adaptarse a sus necesidad e incluso te pueden orientar a la hora de situarles en el salón-, y mejor si puedes poner a todos el mismo menú (ya sea infantil o adulto); no solo por comodidad para los camareros sino para evitar envidias entre los niños (idem si luego vas a dar un obsequio a los niños) y ahorrarte que cuenten luego a la hora de la barra libre (si les pones menú infantil).
Un saludo,