La respuesta del anonimo es corecta respecto al orden de prelación (el de colocación, depende si se van a colocar en línea o en alternancia). Podeis poner las banderas que deseeis, las dos que indicais o todas las que sean lógicas de colocar.

Las banderas institucionales y las privadas no se mezclan (es decir, no deben alternarse); van unas por un lado (con su orden) y las otras por el suyo (idem). Al tratarse de dos banderas, puedes colocarlas como ya te han indicado. Primero la nacional (que siempre va en lugar de honor)y luego, la otra.

Un saludo

Acabo de responderte, Patricia, aquella pregunta, más por motivar las respuestas de los expertos, de suerte que seas ayudada por ellos, que por ayudarte yo mismo, que no puedo hacerlo con seguridad.

Y, sobre la colocación de las banderas, su orden, diría -apenas si sé sobre Vexilología- que es el siguiente:

La bandera nacional a la derecha -mirando de frente, a la izquierda- y la de la empresa a la izquierda -mirando, a la derecha-.

Lo que no sé es si pueden ser dos, como deseáis, o deberían ser cinco: nacional, autonómica, local, europea y empresa; es decir, impares: nacional (1), autonómica (2, derecha nacional), local (3, izquierda nacional), europea (4, derecha autonómica) y empresa (5, izquierda local).

Mejor será excitar nuevamente la respuesta de los expertos, que, por serlo, sabrán responderte muy fácil, clara y seguramente, ¿no crees?